Els programes d’innovació consisteixen en plans d’acció que el Departament d’Educació prioritza i impulsa; i que tenen com a finalitat millorar els resultats del sistema educatiu adequant-lo al canvi i a l’evolució social. Amb la mateixa finalitat també s’inclouen les iniciatives d’altres institucions amb les quals el Departament col·labora mitjançant acords o convenis.