{"id":8792,"date":"2018-02-27T21:13:29","date_gmt":"2018-02-27T20:13:29","guid":{"rendered":"http:\/\/serveiseducatius.xtec.cat\/tarragones\/?p=8792"},"modified":"2019-04-29T11:02:19","modified_gmt":"2019-04-29T09:02:19","slug":"trics12_mhuguet","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/serveiseducatius.xtec.cat\/tarragones\/dinamitzacio\/trics\/trics12_mhuguet\/","title":{"rendered":"\u00c0nalisi bioinform\u00e0tic dels genomes i proteomes de les soques A i B del virus de la grip"},"content":{"rendered":"

\"MartaT\u00edtol:\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0<\/em><\/span><\/strong>\u00c0nalisi bioinform\u00e0tic dels genomes i proteomes de les soques A i B del virus de la grip.<\/strong>
\nAutor\/a:\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong> Marta Huguet Trav\u00e9<\/strong>
\nTutor\/a:\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong>Ferran Conill
\nModalitat:\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong>Ci\u00e8ncies i tecnologia: Ci\u00e8ncies de la Salut
\n\u00c0rea:\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong>Biotecnologia
\nCentre:\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong>Ins Jaume I
\nLocalitat:\u00a0\u00a0\u00a0<\/span><\/em><\/strong>Salou<\/p>\n

Objectius:<\/strong><\/h6>\n
    \n
  1. \n

    Realitzar un estudi comparatiu del genoma de les diferents soques dels virus de la grip A i B, per identificar i analitzar els canvis i mutacions produ\u00efts, tant en gens, aix\u00ed com els canvis que han originat en les corresponents prote\u00efnes, com a conseq\u00fc\u00e8n<\/p>\n<\/li>\n

  2. \n

    Estudiar com aquests canvis afecten en la patogenicitat del virus i perqu\u00e8 s\u2019han produ\u00eft.<\/p>\n<\/li>\n

  3. \n

    An\u00e0lisi de les variacions en l’estructura tridimensional de les prote\u00efnes hemaglutinina i neuraminidasa, associades a la diversificaci\u00f3 del virus de la grip.<\/p>\n<\/li>\n

  4. \n

    Realitzar arbres filogen\u00e8tics a partir dels diferents segments del genoma per determinar les relacions evolutives entre les diferents soques del virus de la grip.<\/p>\n<\/li>\n<\/ol>\n

    El proc\u00e9s:<\/strong><\/h6>\n

    3.1.ESP\u00c8CIE SELECCIONADA
    \nEn el present treball s\u2019ha realitzat una an\u00e0lisi comparada del genoma de les diferents soques, actualment seq\u00fcenciades, del virus de la grip (fam\u00edlia Ortomixoviridae, grup V de la classificaci\u00f3 de Baltimore).
    \n3.2.OBTENCI\u00d3 DELS GENOMES
    \nEls genomes de les diferents soques analitzades han estat obtinguts de les seg\u00fcents bases de dades p\u00fabliques:
    \n\u2022 Genoma de la soca A: National Center for Biotechnology Information
    \n\u2022 (NCBI) <https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/genome\/10290>
    \n\u2022 Genoma de la soca B: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) <http:\/\/www.genome.jp\/dbget-bin\/www_bget?gn:T40039>
    \n3.3. AN\u00c0LISI DE LES SEQ\u00dc\u00c8NCIES GEN\u00d2MIQUES
    \nPer realitzar la comparaci\u00f3 de les seq\u00fc\u00e8ncies gen\u00f2miques de cadascun dels segments de les diferents soques analitzades, s\u2019ha utilitzat l\u2019anomenat format FASTA, compatible amb les diferents eines inform\u00e0tiques d\u2019an\u00e0lisi.
    \nEn el cas de les seq\u00fc\u00e8ncies de la grip B, com que la base de dades GenomeNet <http:\/\/www.genome.jp\/dbget-bin\/www_bget?gn:T40039>proporciona les seq\u00fc\u00e8ncies en un format diferent del necessari per a les comparacions, s\u2019ha utilitzat el programa Format Conver <http:\/\/www.genome.jp\/dbget-bin\/www_bget?gn:T40039> de la p\u00e0gina HIV per convertir les seq\u00fc\u00e8ncies a format FASTA.
    \nPer fer els alineaments entre les seq\u00fc\u00e8ncies de les diferents soques i per veure’n les difer\u00e8ncies entre aquestes, s’ha utilitzat el programa Clusta Omega <https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/>
    \nWeb pertanyent a l’European Bioinformatics Institute (EBI) . Aquest mateix programa tamb\u00e9 ha estat utilitzat per a generar els corresponents arbres filogen\u00e8tics moleculars.
    \nCom a soca patr\u00f3, respecte de la qual poder comparar les altres, s’ha establert la soca (A\/Korea\/426\/1968(H2N2)), ja que \u00e9s la primera de la qual s’ha obtingut el seu genoma completament seq\u00fcenciat.
    \n3.4. AN\u00c0LISI DE LES SEQ\u00dc\u00c8NCIES PROTEIQUES
    \nCom que no totes les mutacions gen\u00f2miques es tradueixen en variacions aminoac\u00eddiques, s\u2019ha realitzat, igualment, una comparaci\u00f3 de les seq\u00fc\u00e8ncies proteiques de les diferents prote\u00efnes codificades pel virus de la grip.
    \nPer fer aquesta an\u00e0lisi s\u2019ha utilitzat el mateix programa inform\u00e0tic – Clusta Omega – que en el cas de les seq\u00fc\u00e8ncies gen\u00f2miques.
    \n3.5. AN\u00c0LISI DE L\u2019ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LES PROTE\u00cfNES
    \nSeguidament, per realitzar una imatge de l\u2019estructura tridimensional de les prote\u00efnes i per observar de quines estructures secund\u00e0ries estan formades, s\u2019ha utilitzat el programa bioinform\u00e0tic -PDBsum-<https:\/\/www.ebi.ac.uk\/thornton-srv\/databases\/cgi-bin\/pdbsum\/GetPage.pl?pdbcode=index.html> tamb\u00e9 pertanyent a l\u2019EBI. Aquesta an\u00e0lisi \u00fanicament s\u2019ha realitzat amb dues prote\u00efnes de superf\u00edcie, l\u2019hemaglutinina i la neuraminidasa, ja que, han estat les que els seus nucle\u00f2tids i amino\u00e0cids han tingut uns valors mutacionals m\u00e9s elevats, superant el 50%.<\/p>\n

    Conclusions:<\/strong><\/h6>\n

    En una comparativa general de tots els resultats obtinguts anteriorment es mostra com hi ha una certa relaci\u00f3 entre els resultats de les diferents parts realitzades. I per tant es pot arribar a unes conclusions en com\u00fa.
    \nPrimer de tot es pot establir una tend\u00e8ncia en la diversificaci\u00f3 seguida per la majoria dels gens dels diversos segments, tot i no ser exactament la mateixa en tots.
    \nEn aquesta tend\u00e8ncia, Nova York seria la soca m\u00e9s semblant a la de Corea i la menys mutada respecte a aquesta. Seguida per la soca de Calif\u00f2rnia. I per \u00faltim, la menys semblant Xangai. Aix\u00f2 tenint en compte \u00fanicament les soques de la grip A.
    \nAquesta tend\u00e8ncia segueix una relaci\u00f3 temporal tamb\u00e9. Aix\u00f2 \u00e9s degut que les mutacions s’acumulen d’una generaci\u00f3 a una altra, causant un major nombre de mutacions en les soques m\u00e9s modernes, com \u00e9s el cas de la soca de Xangai.
    \nPer contra, la grip B \u00e9s la menys semblant a la soca Corea. Aquest resultat \u00e9s corrent amb el fet que es tracta d’una soca diferent del virus i, per tant, es va separar evolutivament abans.
    \nEn alguns segments es pot observar una difer\u00e8ncia en el percentatge de nucle\u00f2tids i d’amino\u00e0cids substitu\u00efts en el mateix segment. Aix\u00f2 pot venir causat per la pres\u00e8ncia de mutacions silencioses i revertides.
    \nDels diferents segments del genoma del virus, cal destacar-ne dos d’aquests, el quart i el sis\u00e8, en qu\u00e8, en general, el percentatge de mutacions ha estat molt major al dels altres segments. Aquest fet ve directament relacionat amb els resultats obtinguts per la comparativa de les prote\u00efnes. L’hemaglutinina i la neuraminidasa, que s\u00f3n les prote\u00efnes codificades, respectivament, per aquests dos segments, tamb\u00e9 han estat les dues prote\u00efnes amb un nombre m\u00e9s elevat de canvis en totes les soques. M\u00e9s del 50% dels seus amino\u00e0cids han estat canviats respecte a la soca de refer\u00e8ncia. Mentre que les altres prote\u00efnes han tingut valors molt m\u00e9s baixos.
    \nEls arbres evolutius mostren que totes les soques siguin de la grip A o B provenen d’un mateix antecessor evolutiu
    \n.A m\u00e9s a m\u00e9s, les soques Xangai i Calif\u00f2rnia, de la grip A, s\u00f3n similars en caracter\u00edstiques i tamb\u00e9 pr\u00f2ximes evolutivament. El mateix succeeix entre les soques de Corea i Nova York.
    \nEls arbres filogen\u00e8tics dedu\u00efts a partir dels genomes mostren el mateix patr\u00f3 de diversificaci\u00f3 que els dedu\u00efts a partir de prote\u00efnes.
    \nLes estructures secund\u00e0ries de l’hemaglutinina i la neuraminidasa tamb\u00e9 mostren el mateix tipus de relaci\u00f3 entre els parells de soques comentats anteriorment. Comparteixen una gran similitud d’estructura. Ambdues prote\u00efnes s’assemblen en totes les soques perqu\u00e8 s\u00f3n globulars i perqu\u00e8 estan formades principalment per fulles \u03b2.<\/p>\n

    Bibliografia:<\/strong><\/h6>\n